Како примероци за лабораториско испитување при инфекција/интоксикација во ГИТ служат фецес, ректален брис, сомнителна храна, повратени маси. Примерок на фецес се зема веднаш по дефекација (околу 1 cm3/1-2 gr, од повеќе места: слузави, крвави, гнојни делови), во посебни стерилни патрони кои имаат лажичка. Се испраќа во микробиолошка лабораторија најдоцна за 4 часа, а ако тоа не е можно се конзервира во пуфериран глицерол.

Фецес се зема во тек на сите стадиуми на болеста, вклучувајќи го и стадиумот на рековалесценција, се додека три копрокултури земени во тек на една недела не бидат негативни. Доколку не е можно да се земе фецес како примерок за испитување (пациентот не соработува од разни причини, бебе и друго) тогаш се зема ректален брис во аналниот отвор на пациентот во длабочина од 1-2 cm, внимавајќи глутеусите да бидат повлечени на страна за да не го контаминираат брисот. Овој начин има технички предности, но е инфериорен во однос на примерокот на фецес од кој се добива повисок процент на позитивни резултати. Кај доенчиња фецесот се зема од пелената на ист начин .

Во фецесот се бараат Салмонела, Шигела Ентеропатогена и Ентерохеморагична Ешерихија коли и Кампилобактер јејуни, а можна е изолација на Јерсинија ентероколитика. Вирусолошката обработка ги опфаќа рота и аденовирусот.

Паразитолошкото иследување се состои од барање на јајченца на хелминти, возрасни паразити и нивни делови. Протозоолошко иследување се состои од барање на цисти и трофозоти на ентамеба хистолитика и џардиа ламблиа. За потврда на дијагнозата потребни се неколку повторувани прегледи.